Το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου του 2000 το «Εξπρές Σάμινα» αναχωρεί από τον λιμένα του Πειραιά με 533 άτομα, από τα οποία τα 472 ήταν επιβάτες και τα υπόλοιπα 61 το πλήρωμα.
Περίπου στις 22:12 το πλοίο προσεγγίζει τον λιμένα της Παροικιάς, με ανέμους 8 μποφόρ. Δύο μίλια ανοικτά της Πάρου προσκρούει με ταχύτητα 18 κόμβων στις νησίδες «Πόρτες», με συνέπεια το πλοίο να υποστεί ρήγμα στα δεξιά ύφαλά του, μήκους περίπου τριών μέτρων, στη βάση του δεξιού πτερυγίου ευσταθείας.
Το νερό κατέκλυσε το μηχανοστάσιο του πλοίου το οποίο πήρε γρήγορα κλίση προς τα δεξιά και μετά από 25 λεπτά βυθίστηκε.
Μεγάλος πανικός προκλήθηκε στους επιβαίνοντες λόγω της συσκότισης που προκλήθηκε στο πλοίο από ηλεκτρική βλάβη, καθώς δεν λειτούργησε ούτε η εφεδρική ηλεκτρογεννήτρια (emergency generator), αλλά και από την απουσία ειδοποίησης της σειρήνας έκτακτης ανάγκης, αλλά και της σχετικής ενημέρωσης από τα φορητά μεγάφωνα του πλοίου, με πολλούς από αυτούς να πηδούν στη θάλασσα.