Κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας στην Κρήτη, η εκκλησία, παρά τους εξισλαμισμούς των πρώτων χρόνων, συνέβαλλε στη διατήρηση της εθνικής συνείδησης.
Η συντριπτική πλειοψηφία του πληθυσμού έχοντας για συμπαραστάτη τους φυσικούς ηγέτες της τον τοπικό ιερέα και τον επίσκοπο παρέμεινε, παρά τις διώξεις και τις διακρίσεις, ακλόνητη στην ορθοδοξία, διαφυλάσσοντας την πίστη των πατέρων τους και την εθνική τους συνείδηση.
Στη Φιλική Εταιρεία είχαν μυηθεί αρκετοί κατώτεροι κληρικοί αλλά και αρκετοί ιεράρχες της Κρήτης.
Μαθαίνοντας οι Τούρκοι το γεγονός της επανάστασης των Κρητών αντέδρασαν με σφαγές. Ο Μητροπολίτης και 6 επίσκοποι υπήρξαν τα πρώτα θύματα της τουρκικής θηριωδίας. Σκοτώθηκαν ακόμη πολλοί ηγούμενοι και μοναχοί.
Μεγάλη ήταν η προσφορά του κλήρου καθ’ όλη τη διάρκεια της επανάστασης (1821-1830). Όπως και στις επόμενες επαναστάσεις οι κληρικοί πολέμησαν από διάφορα μετερίζια την υπόθεση της ελευθερίας: στα πεδία των μαχών, ως στρατιωτικοί & πολιτικοί ηγέτες.
Τα Μοναστήρια με τη φρουριακή αρχιτεκτονική τους, κτισμένα στις υπώρειες των ορέων του νησιού, υπήρξαν καταφύγια και ορμητήρια πολλών επαναστατών.
