Το μικρό χωριό, σμιλεμένο από πέτρα και μέσα σε ένα υπέροχο φυσικό τοπίο θα σας εκπλήξει και θα σας κάνει να απορήσετε γιατί δεν είχατε ακούσει μέχρι τώρα για αυτό.
Το χωριό είναι ιδανικό για μια κυριακάτικη βόλτα, μιας και συνδυάζει την εγγύτητα στο Ηράκλειο και την πληθώρα αξιοθέατων. Ουσιαστικά ο Άγιος Θωμάς απλώνεται ανάμεσα σε δύο λόφους. Στο λόφο της Γριάς Μάντρας και τον λόφο Καβαλάρη.
Στους πρόποδες του λόφου της Γριάς Μάντρας υπάρχει ανδριάντας του ήρωα της περιοχής Λόγιου που αποτέλεσε φόβο και τρόμο των Τούρκων. Από εδώ ξεκινάει ένα πανέμορφο πέτρινο μονοπάτι κάτω από τη σκιά πανύψηλων δέντρων που οδηγεί στην κορυφή του λόφου. Λίγο πριν φτάσετε στην κορυφή θα συναντήσετε τους ρωμαϊκούς τάφους. Πρόκειται για 6 τάφους της ρωμαϊκής περιόδου οι οποίοι είναι λαξευμένοι μέσα σε βράχους. Οι εικόνες εδώ είναι εντυπωσιακές και θα μείνουν χαραγμένες στη μνήμη σας, μιας και δεν είναι συνηθισμένες στην Κρήτη. Κάποιοι βράχοι έχουν γείρει από παλιότερο σεισμό, και η εικόνα τους είναι ακόμη πιο περίεργη μιας και οι είσοδοι των τάφων κοιτάζουν προς το έδαφος. Συνεχίζοντας προς την κορυφή του λόφου, συναντάμε το γραφικό εκκλησάκι του Αφέντη Χριστού (του Σωτήρος για τους εκτός Κρήτης), ενώ η θέα του χωριού από εδώ ψηλά προς τον απέναντι λόφο με τα σπίτια με τις κόκκινες σκεπές στα πόδια του, κόβει την ανάσα.
